José Pereira Coutinho tem licenciatura em engenharia agronómica (ISA-UTL), mestrado em gestão de empresas (ISCTE) e doutoramento em sociologia (ISCTE-IUL). Entre 2006 e 2008, concebeu e coordenou projectos sociológicos/antropológicos sobre incêndios florestais, com financiamento público (DGRF, AFN). Entre 2008 e 2012, foi bolseiro de doutoramento pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia, o organismo público português que apoia a ciência, a tecnologia e a inovação em todos os domínios científicos. Em 2012, defendeu a sua tese «Modernidade, religiosidade e universidade». Entre 2012 e 2016, foram publicados alguns artigos seus em revistas nacionais e internacionais, destacando-se: 2016, “Religiosity in Europe: an index, factors, and clusters of religiosity”, Sociologia, Problemas e Práticas.

Desde 2018, é membro integrado do Centro de Investigação em Teologia e Estudos de Religião, da Universidade Católica Portuguesa (CITER-UCP). A sua pesquisa foca-se no catolicismo, na religiosidade, na socialização e na juventude. Em 2018 e 2019, foram publicados vários artigos seus em revistas internacionais, destacando-se: 2019, “Religiosidade em Portugal: caracterização, comparação e evolução”, Religião e Sociedade; 2019, “Religiosidade da juventude portuguesa: evolução recente e comparação com o restante da população”, Revista Brasileira de Ciências Sociais. Participou no projecto ‘Identidades religiosas e dinâmica social na Área Metropolitana de Lisboa’, do CITER-UCP, iniciado em 2018. O seu livro Religião em Portugal: Análise Sociológica foi publicado, em 2020, pela Imprensa de Ciências Sociais.