Instituições Académicas Internacionais
 

Faculty of Religious Studies of the University of Saint Joseph – Macau
Protocolo tendo em vista  a coordenação científica do Curso de Christian Studies da Faculty of Religious Studies pela Faculdade de Teologia, a colaboração académica e a cooperação em programas conjuntos de 2.º e 3.º ciclos de estudo.

Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS) e Universidade Católica de Pernambuco
Protocolos com vista à cooperação científica, tecnológica e cultural entre as duas Instituições.

Parcerias Erasmus
Parcerias no âmbito do Programa Erasmus para intercâmbio de docentes e alunos:

• Charles University, in Prague;
• Eberhard Karls Universität Tübingen;
• Institut Catholoque de Paris - Theologicum - Faculty of theology and Religious Sciences;
• Institut Catholique de Toulouse;
• Nicolaus Copernicus Universit;
• Pázmány Péter Catholic University;
• Pontifical University St. Patrick's College, Maynooth;
• Ramon Llull University - Facultat de Filosofia;
• Universidad Ponficia de Salamanca;
• University of South Bohemia in Ceske Budejovice - Faculty of Theology;
• University of Würzburg - Theologische Fakultät.

Instituições Académicas Nacionais
 

Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa
Protocolo tendo em vista a promoção de programas de intercâmbio de docentes e alunos, projetos de investigação conjuntos, acesso às Bibliotecas e Serviços à Comunidade.

Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa
Acordo de cooperação, via Centro de Estudos de História Religiosa, com vista à organização e lecionação de cursos do 2.º e 3.º ciclos em História e Cultura das Religiões.

Outras Instituições
 

Cáritas Portuguesa
Protocolo de colaboração a nível do plano estratégico da Cáritas em Portugal e da formação de dirigentes, técnicos e voluntários, na área específica da Faculdade.

Corpo Nacional de Escutas – Escutismo Católico Português
Protocolo com o objetivo de promover a cooperação entre as duas instituições a nível da formação de quadros, na área teológica, nomeadamente através do recurso às técnicas de ensino a distância.

Ecclesia
Parceria com vista ao desenvolvimento da colaboração existente entre as duas instituições. Nomeadamente, através da colaboração regular de docentes da Faculdade no Programa Ecclesia e da divulgação das iniciativas que a Faculdade desenvolve em prole da fé e da cultura.

Instituto Católico da Cultura - Diocese de Angra
Protocolo de colaboração no âmbito da formação e da prestação de serviços à comunidade.

Instituto S. João de Deus
Protocolo de cooperação a nível do ensino, da investigação e dos Serviços à comunidade.

Irmandade dos Clérigos
Parceria no âmbito de publicações e ações de formação permanente para o clero e o laicado