O Mestrado em Ciências Religiosas (MCR) visa o aprofundamento dos estudos teológicos numa vertente prática e profissionalizante.

Prepara profissionais para a pesquisa, à luz da fé cristã, de soluções para os problemas humanos.

O MCR, área de Educação Moral e Religiosa Católica, habilita profissionalmente para a docência da Educação Moral e Religiosa Católica no ensino básico e secundário, oferecendo formação nas áreas complementares da docência: área educacional, didática, social, cultural e ética. Inclui também uma prática de ensino supervisionada.

Além da especialização na área de Educação Moral e Religiosa Católica o MCR oferece a especialização em Animação Socio-Religiosa.

Presentemente a FT oferece a especialização em Animação Socio-Religiosa apenas como modalidade de adequação do grau de Licenciatura em Ciências Religiosas (5 anos, pré-Bolonha) ao atual grau de Mestre. O aluno deverá fazer uma dissertação e frequentar o seminário de acompanhamento (48 ECTS). Deverá frequentar ainda outras duas unidades curriculares do Mestrado (12 ECTS).

O MCR-Animação Socio-Religiosa está reconhecido para efeitos de progressão na carreira de docentes do ensino básico e secundário.

O MCR tem reconhecimento civil.  Acreditado pela A3ES ACEF/1516/16797. Nº de Registo na DGES: R/A-EF 1246/2011.